مجموعه قند و نبات افضلی از هر جهت بهداشت محصول خود را در صدر توجه قرار داده است. استیل بودن مخازن و تانکر انتقال آب، دیگ‌های پخت و تغلیظ، لوله‌های انتقال نبات مایع، نوساز بودن، پوشیده شدن با سرامیک‌های لعابدار سالن‌ها و محل تولید و انبار، پوشش استاندارد پنجره‌ها و ورودی‌های کارخانه، استفاده از مواد اولیه بهداشتی و آزمایش شده برای تولید نبات از موارد بهداشتی بودن محصولات این کارخانه است. این امتیازات علاوه بر انتظارات بهداشتی نهادهای نظارتی (کارت بهداشت پرسنل، استفاده پیوسته از لباس مخصوص، کلاه و ماسک و ...) می‌باشد.